hack master
authorPat Thoyts <Patrick.Thoyts@renishaw.com>
Mon, 11 Mar 2024 07:59:54 +0000 (07:59 +0000)
committerPat Thoyts <Patrick.Thoyts@renishaw.com>
Mon, 11 Mar 2024 07:59:54 +0000 (07:59 +0000)
16 files changed:
.gitignore [new file with mode: 0644]
LICENSE [new file with mode: 0644]
MANIFEST.in [new file with mode: 0644]
README.md [new file with mode: 0644]
demos/gspc_test.py [new file with mode: 0644]
pyproject.toml [new file with mode: 0644]
setup.cfg [new file with mode: 0644]
setup.py [new file with mode: 0644]
spc/__init__.py [new file with mode: 0644]
spc/spcenums.py [new file with mode: 0644]
spc/spcfile.py [new file with mode: 0644]
spc/test/__init__.py [new file with mode: 0644]
spc/test/anatase.spc [new file with mode: 0644]
spc/test/benzene.spc [new file with mode: 0644]
spc/test/test_spcfile.py [new file with mode: 0644]
tox.ini [new file with mode: 0644]

diff --git a/.gitignore b/.gitignore
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7021e5a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,8 @@
+.tox/
+.vscode/
+*.egg-info/
+__pycache__/
+build/
+dist/
+.pytest_cache/
+*.whl
\ No newline at end of file
diff --git a/LICENSE b/LICENSE
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d645695
--- /dev/null
+++ b/LICENSE
@@ -0,0 +1,202 @@
+
+                                 Apache License
+                           Version 2.0, January 2004
+                        http://www.apache.org/licenses/
+
+   TERMS AND CONDITIONS FOR USE, REPRODUCTION, AND DISTRIBUTION
+
+   1. Definitions.
+
+      "License" shall mean the terms and conditions for use, reproduction,
+      and distribution as defined by Sections 1 through 9 of this document.
+
+      "Licensor" shall mean the copyright owner or entity authorized by
+      the copyright owner that is granting the License.
+
+      "Legal Entity" shall mean the union of the acting entity and all
+      other entities that control, are controlled by, or are under common
+      control with that entity. For the purposes of this definition,
+      "control" means (i) the power, direct or indirect, to cause the
+      direction or management of such entity, whether by contract or
+      otherwise, or (ii) ownership of fifty percent (50%) or more of the
+      outstanding shares, or (iii) beneficial ownership of such entity.
+
+      "You" (or "Your") shall mean an individual or Legal Entity
+      exercising permissions granted by this License.
+
+      "Source" form shall mean the preferred form for making modifications,
+      including but not limited to software source code, documentation
+      source, and configuration files.
+
+      "Object" form shall mean any form resulting from mechanical
+      transformation or translation of a Source form, including but
+      not limited to compiled object code, generated documentation,
+      and conversions to other media types.
+
+      "Work" shall mean the work of authorship, whether in Source or
+      Object form, made available under the License, as indicated by a
+      copyright notice that is included in or attached to the work
+      (an example is provided in the Appendix below).
+
+      "Derivative Works" shall mean any work, whether in Source or Object
+      form, that is based on (or derived from) the Work and for which the
+      editorial revisions, annotations, elaborations, or other modifications
+      represent, as a whole, an original work of authorship. For the purposes
+      of this License, Derivative Works shall not include works that remain
+      separable from, or merely link (or bind by name) to the interfaces of,
+      the Work and Derivative Works thereof.
+
+      "Contribution" shall mean any work of authorship, including
+      the original version of the Work and any modifications or additions
+      to that Work or Derivative Works thereof, that is intentionally
+      submitted to Licensor for inclusion in the Work by the copyright owner
+      or by an individual or Legal Entity authorized to submit on behalf of
+      the copyright owner. For the purposes of this definition, "submitted"
+      means any form of electronic, verbal, or written communication sent
+      to the Licensor or its representatives, including but not limited to
+      communication on electronic mailing lists, source code control systems,
+      and issue tracking systems that are managed by, or on behalf of, the
+      Licensor for the purpose of discussing and improving the Work, but
+      excluding communication that is conspicuously marked or otherwise
+      designated in writing by the copyright owner as "Not a Contribution."
+
+      "Contributor" shall mean Licensor and any individual or Legal Entity
+      on behalf of whom a Contribution has been received by Licensor and
+      subsequently incorporated within the Work.
+
+   2. Grant of Copyright License. Subject to the terms and conditions of
+      this License, each Contributor hereby grants to You a perpetual,
+      worldwide, non-exclusive, no-charge, royalty-free, irrevocable
+      copyright license to reproduce, prepare Derivative Works of,
+      publicly display, publicly perform, sublicense, and distribute the
+      Work and such Derivative Works in Source or Object form.
+
+   3. Grant of Patent License. Subject to the terms and conditions of
+      this License, each Contributor hereby grants to You a perpetual,
+      worldwide, non-exclusive, no-charge, royalty-free, irrevocable
+      (except as stated in this section) patent license to make, have made,
+      use, offer to sell, sell, import, and otherwise transfer the Work,
+      where such license applies only to those patent claims licensable
+      by such Contributor that are necessarily infringed by their
+      Contribution(s) alone or by combination of their Contribution(s)
+      with the Work to which such Contribution(s) was submitted. If You
+      institute patent litigation against any entity (including a
+      cross-claim or counterclaim in a lawsuit) alleging that the Work
+      or a Contribution incorporated within the Work constitutes direct
+      or contributory patent infringement, then any patent licenses
+      granted to You under this License for that Work shall terminate
+      as of the date such litigation is filed.
+
+   4. Redistribution. You may reproduce and distribute copies of the
+      Work or Derivative Works thereof in any medium, with or without
+      modifications, and in Source or Object form, provided that You
+      meet the following conditions:
+
+      (a) You must give any other recipients of the Work or
+          Derivative Works a copy of this License; and
+
+      (b) You must cause any modified files to carry prominent notices
+          stating that You changed the files; and
+
+      (c) You must retain, in the Source form of any Derivative Works
+          that You distribute, all copyright, patent, trademark, and
+          attribution notices from the Source form of the Work,
+          excluding those notices that do not pertain to any part of
+          the Derivative Works; and
+
+      (d) If the Work includes a "NOTICE" text file as part of its
+          distribution, then any Derivative Works that You distribute must
+          include a readable copy of the attribution notices contained
+          within such NOTICE file, excluding those notices that do not
+          pertain to any part of the Derivative Works, in at least one
+          of the following places: within a NOTICE text file distributed
+          as part of the Derivative Works; within the Source form or
+          documentation, if provided along with the Derivative Works; or,
+          within a display generated by the Derivative Works, if and
+          wherever such third-party notices normally appear. The contents
+          of the NOTICE file are for informational purposes only and
+          do not modify the License. You may add Your own attribution
+          notices within Derivative Works that You distribute, alongside
+          or as an addendum to the NOTICE text from the Work, provided
+          that such additional attribution notices cannot be construed
+          as modifying the License.
+
+      You may add Your own copyright statement to Your modifications and
+      may provide additional or different license terms and conditions
+      for use, reproduction, or distribution of Your modifications, or
+      for any such Derivative Works as a whole, provided Your use,
+      reproduction, and distribution of the Work otherwise complies with
+      the conditions stated in this License.
+
+   5. Submission of Contributions. Unless You explicitly state otherwise,
+      any Contribution intentionally submitted for inclusion in the Work
+      by You to the Licensor shall be under the terms and conditions of
+      this License, without any additional terms or conditions.
+      Notwithstanding the above, nothing herein shall supersede or modify
+      the terms of any separate license agreement you may have executed
+      with Licensor regarding such Contributions.
+
+   6. Trademarks. This License does not grant permission to use the trade
+      names, trademarks, service marks, or product names of the Licensor,
+      except as required for reasonable and customary use in describing the
+      origin of the Work and reproducing the content of the NOTICE file.
+
+   7. Disclaimer of Warranty. Unless required by applicable law or
+      agreed to in writing, Licensor provides the Work (and each
+      Contributor provides its Contributions) on an "AS IS" BASIS,
+      WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or
+      implied, including, without limitation, any warranties or conditions
+      of TITLE, NON-INFRINGEMENT, MERCHANTABILITY, or FITNESS FOR A
+      PARTICULAR PURPOSE. You are solely responsible for determining the
+      appropriateness of using or redistributing the Work and assume any
+      risks associated with Your exercise of permissions under this License.
+
+   8. Limitation of Liability. In no event and under no legal theory,
+      whether in tort (including negligence), contract, or otherwise,
+      unless required by applicable law (such as deliberate and grossly
+      negligent acts) or agreed to in writing, shall any Contributor be
+      liable to You for damages, including any direct, indirect, special,
+      incidental, or consequential damages of any character arising as a
+      result of this License or out of the use or inability to use the
+      Work (including but not limited to damages for loss of goodwill,
+      work stoppage, computer failure or malfunction, or any and all
+      other commercial damages or losses), even if such Contributor
+      has been advised of the possibility of such damages.
+
+   9. Accepting Warranty or Additional Liability. While redistributing
+      the Work or Derivative Works thereof, You may choose to offer,
+      and charge a fee for, acceptance of support, warranty, indemnity,
+      or other liability obligations and/or rights consistent with this
+      License. However, in accepting such obligations, You may act only
+      on Your own behalf and on Your sole responsibility, not on behalf
+      of any other Contributor, and only if You agree to indemnify,
+      defend, and hold each Contributor harmless for any liability
+      incurred by, or claims asserted against, such Contributor by reason
+      of your accepting any such warranty or additional liability.
+
+   END OF TERMS AND CONDITIONS
+
+   APPENDIX: How to apply the Apache License to your work.
+
+      To apply the Apache License to your work, attach the following
+      boilerplate notice, with the fields enclosed by brackets "[]"
+      replaced with your own identifying information. (Don't include
+      the brackets!)  The text should be enclosed in the appropriate
+      comment syntax for the file format. We also recommend that a
+      file or class name and description of purpose be included on the
+      same "printed page" as the copyright notice for easier
+      identification within third-party archives.
+
+   Copyright [yyyy] [name of copyright owner]
+
+   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
+   you may not use this file except in compliance with the License.
+   You may obtain a copy of the License at
+
+       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+
+   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
+   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
+   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
+   See the License for the specific language governing permissions and
+   limitations under the License.
diff --git a/MANIFEST.in b/MANIFEST.in
new file mode 100644 (file)
index 0000000..6bcf23b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,4 @@
+include tox.ini
+include demos/*.py
+include spc/test/*.py
+include spc/test/*.spc
diff --git a/README.md b/README.md
new file mode 100644 (file)
index 0000000..e69de29
diff --git a/demos/gspc_test.py b/demos/gspc_test.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a64d3a7
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,45 @@
+"""\r
+Read an SPC file using the Galactic GSPCIO COM object.\r
+\r
+Will require 32 bit python as the COM object is only available for 32 bit.\r
+"""\r
+\r
+import sys\r
+import argparse\r
+from comtypes.client import CreateObject\r
+\r
+PROGID_GSPCIO='GSPCIOLib.GSPCIO'\r
+\r
+\r
+def main(args=None):\r
+    """Application entry"""\r
+    parser = argparse.ArgumentParser(\r
+        description='Read an SPC file using the Galactic GSPCIO COM library')\r
+    parser.add_argument('filename', help='Path to SPC file.')\r
+    parser.add_argument('--show-log', dest='showlogtext', action='store_true',\r
+                        help='Emit the log text data lines.')\r
+    options = parser.parse_args(args)\r
+\r
+    gspcio = CreateObject(PROGID_GSPCIO)\r
+    gspcio.OpenFile(options.filename)\r
+    print(f"File has {gspcio.NumSubfiles} spectra with {gspcio.NumPoints} points")\r
+    print(f'Comment: "{gspcio.Comment}"')\r
+    print(f'Description: "{gspcio.GetLogKey("Description")}"')\r
+    if options.showlogtext:\r
+        print(f"LogText: ({gspcio.LogTextSize} bytes)")\r
+        index = 0\r
+        while True:\r
+            line, length = gspcio.GetLogLine(index)\r
+            if length < 0:\r
+                break\r
+            if line:\r
+                print(f'  {line}')\r
+            else:\r
+                print(f'-- empty line {length} bytes reported')\r
+            index += 1\r
+\r
+    return 0\r
+\r
+\r
+if __name__ == '__main__':\r
+    sys.exit(main(sys.argv[1:]))\r
diff --git a/pyproject.toml b/pyproject.toml
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a4654d2
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,3 @@
+[build-system]
+requires = ["setuptools >= 65.0"]
+build-backend = "setuptools.build_meta"
diff --git a/setup.cfg b/setup.cfg
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3edcf39
--- /dev/null
+++ b/setup.cfg
@@ -0,0 +1,45 @@
+[metadata]
+name = renishaw_spc
+version = attr: spc.__version__
+description = Python access classes for Galactic SPC spectroscopy data files
+long_description = file: README.md
+author = Renishaw Spectroscopy
+author_email = Raman.Support@renishaw.com
+license = Apache Software License
+platforms = any
+classifiers =
+    Development Status :: 4 - Beta
+    Intended Audience :: Science/Research
+    License :: OSI Approved :: Apache Software License
+    Operating System :: OS Independent
+    Programming Language :: Python :: 3
+    Programming Language :: Python :: 3 :: Only
+    Programming Language :: Python :: 3.8
+    Programming Language :: Python :: 3.9
+    Programming Language :: Python :: 3.10
+    Programming Language :: Python :: 3.11
+    Programming Language :: Python :: 3.12
+    Topic :: Scientific/Engineering :: Physics
+
+[options]
+python_requires = >=3.8
+packages =
+    spc
+    spc.browser
+
+[options.entry_points]
+gui_scripts =
+    spcbrowser = spc.browser:main
+
+[options.extras_require]
+tools =
+    matplotlib >= 3.5.0
+    numpy >= 1.20.0
+
+[options.packages.find]
+exclude =
+    demos*
+    spc.test*
+
+[sdist]
+formats=zip
diff --git a/setup.py b/setup.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b908cbe
--- /dev/null
+++ b/setup.py
@@ -0,0 +1,3 @@
+import setuptools
+
+setuptools.setup()
diff --git a/spc/__init__.py b/spc/__init__.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..6c09e9f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,29 @@
+# Copyright (c) 2024 Renishaw plc.
+#
+# Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
+# you may not use this file except in compliance with the License.
+# You may obtain a copy of the License at
+#
+#    https://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+#
+# Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
+# distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
+# WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
+# See the License for the specific language governing permissions and
+# limitations under the License.
+
+
+"""Galactic SPC spectroscopy data file accessor classes"""
+
+
+__title__ = "renishaw_spc"
+__version__ = "1.0.0"
+__author__ = "Renishaw plc"
+__author_email__ = "Raman.Support@renishaw.com"
+__license__ = "Apache Software License"
+
+
+from .spcfile import (
+    SpcFile, SpcHdr, SpcIter)
+from .spcenums import (
+    SpcFlags, SpcTechnique, SpcModFlags, SubHdrFlags)
diff --git a/spc/spcenums.py b/spc/spcenums.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..aaf3b84
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,128 @@
+# Copyright (c) 2024 Renishaw plc.
+#
+# Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
+# you may not use this file except in compliance with the License.
+# You may obtain a copy of the License at
+#
+#    https://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+#
+# Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
+# distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
+# WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
+# See the License for the specific language governing permissions and
+# limitations under the License.
+
+from enum import IntEnum, IntFlag
+
+
+class SpcFlags(IntFlag):
+    """Possible bit FTFLGS flag byte settings.
+
+    Note that TRANDM and TORDRD are mutually exclusive.
+    Code depends on TXVALS being the sign bit.  TXYXYS must be 0 if TXVALS=0.
+    In old software without the fexper code, TCGRAM specifies a chromatogram."""
+
+    TNONE = 0
+
+    TSPREC = 1
+    """Single precision (16 bit) Y data if set."""
+
+    TCGRAM = 2
+    """Enables fexper in older software (CGM if fexper=0)"""
+
+    TMULTI = 4
+    """Multiple traces format (set if more than one subfile)"""
+
+    TRANDM = 8
+    """If TMULTI and TRANDM=1 then arbitrary time (Z) values"""
+
+    TORDRD = 16
+    """If TMULTI abd TORDRD=1 then ordered but uneven subtimes"""
+
+    TALABS = 32
+    """Set if should use fcatxt axis labels, not fxtype etc."""
+
+    TXYXYS = 64
+    """If TXVALS and multifile, then each subfile has own X's"""
+
+    TXVALS = 128
+    """Floating X value array preceeds Y's  (New format only)"""
+
+
+class SpcTechnique(IntEnum):
+    """Instrument Technique fexper settings
+
+    In older software, the TCGRAM in ftflgs must be set if fexper is non-zero.
+    A general chromatogram is specified by a zero fexper when TCGRAM is set."""
+
+    SPCGEN = 0
+    """General SPC (could be anything)"""
+    SPCGC = 1
+    """Gas Chromatogram"""
+    SPCCGM = 2
+    """General Chromatogram (same as SPCGEN with TCGRAM)"""
+    SPCHPLC = 3
+    """HPLC Chromatogram"""
+    SPCFTIR = 4
+    """FT-IR, FT-NIR, FT-Raman Spectrum or Igram (Can also be used for scanning IR.)"""
+    SPCNIR = 5
+    """NIR Spectrum (Usually multi-spectral data sets for calibration.)"""
+    SPCUV = 7
+    """UV-VIS Spectrum (Can be used for single scanning UV-VIS-NIR.)"""
+    SPCXRY = 8
+    """X-ray Diffraction Spectrum"""
+    SPCMS = 9
+    """Mass Spectrum  (Can be single, GC-MS, Continuum, Centroid or TOF.)"""
+    SPCNMR = 10
+    """NMR Spectrum or FID"""
+    SPCRMN = 11
+    """Raman Spectrum (Usually Diode Array, CCD, etc. use SPCFTIR for FT-Raman.)"""
+    SPCFLR = 12
+    """Fluorescence Spectrum"""
+    SPCATM = 13
+    """Atomic Spectrum"""
+    SPCDAD = 14
+    """Chromatography Diode Array Spectra"""
+
+
+class SpcModFlags(IntFlag):
+    """Spectral modifications flag setting conventions"""
+    Averaging = 1 << 1
+    """Averaging (from multiple source traces)"""
+    Baseline = 1 << 2
+    """Baseline correction or offset functions"""
+    Conversion = 1 << 3
+    """Interferogram to spectrum Computation"""
+    Derivative = 1 << 4
+    """Derivative (or integrate) functions"""
+    Enhancement = 1 << 6
+    """Resolution Enhancement functions (such as deconvolution)"""
+    Interpolation = 1 << 9
+    """Interpolation functions"""
+    Noise = 1 << 14
+    """Noise reduction smoothing"""
+    Other = 1 << 15
+    """Other functions (add, subtract, noise, etc.)"""
+    Subtraction = 1 << 19
+    """Spectral Subtraction"""
+    Truncation = 1 << 20
+    """Truncation (only a portion of original X axis remains)"""
+    When = 1 << 23
+    """When collected (date and time information) has been modified"""
+    Xunits = 1 << 24
+    """X units conversions or X shifting"""
+    Yunits = 1 << 25
+    """Y units conversions (transmission->absorbance, etc.)"""
+    Zap = 1 << 26
+    """Zap functions (features removed or modified)"""
+
+
+class SubHdrFlags(IntFlag):
+    SUBCHGD = 1
+    """Subflgs bit if subfile changed"""
+
+    SUBNOPT = 8
+    """Subflgs bit if peak table file should not be used"""
+
+    SUBMODF = 128
+    """Subflgs bit if subfile modified by arithmetic"""
diff --git a/spc/spcfile.py b/spc/spcfile.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1ca640b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,342 @@
+# Copyright (c) 2024 Renishaw plc.\r
+#\r
+# Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");\r
+# you may not use this file except in compliance with the License.\r
+# You may obtain a copy of the License at\r
+#\r
+#    https://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0\r
+#\r
+# Unless required by applicable law or agreed to in writing, software\r
+# distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,\r
+# WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.\r
+# See the License for the specific language governing permissions and\r
+# limitations under the License.\r
+\r
+"""\r
+"""\r
+\r
+import struct\r
+from dataclasses import dataclass\r
+from datetime import datetime\r
+from enum import IntEnum, IntFlag\r
+from io import BufferedReader, BytesIO\r
+from os import SEEK_SET, SEEK_CUR\r
+from typing import Sequence\r
+from .spcenums import SpcFlags, SpcTechnique, SpcModFlags, SubHdrFlags\r
+\r
+\r
+def from_spc_date(fdate: int) -> datetime:\r
+    """Convert an SPC file timestamp to a Python datetime\r
+\r
+    Date/Time LSB: min=6b,hour=5b,day=5b,month=4b,year=12b"""\r
+    return fdate\r
+    print(hex(fdate), hex(fdate >> (32 - 12)))\r
+    year = ((fdate >> 25) & 0x3f) + 1980\r
+    month = (fdate >> 21) & 0x0f\r
+    day = (fdate >> 16) & 0x0f\r
+    hour = (fdate >> 11) & 0x1f\r
+    mins = (fdate >> 5) & 0x3f\r
+    secs = (fdate) & 0x1f\r
+    return datetime(year, month, day, hour=hour, minute=mins, second=secs)\r
+\r
+\r
+@dataclass\r
+class SpcHdr:\r
+    ftflgs: SpcFlags\r
+    """File flags from the SpcFlags enumeration"""\r
+    fversn: int\r
+    """0x4B=> new LSB 1st, 0x4C=> new MSB 1st, 0x4D=> old format"""\r
+    fexper: int\r
+    """Instrument technique code"""\r
+    fexp: int\r
+    """Fraction scaling exponent integer (80h=>float)"""\r
+    fnpts: int\r
+    """Integer number of points (or TXYXYS directory position)"""\r
+    ffirst: float\r
+    """Floating X coordinate of first point"""\r
+    flast: float\r
+    """Floating X coordinate of last point"""\r
+    fnsub: int\r
+    """Integer number of subfiles (1 if not TMULTI)"""\r
+    fxtype: int\r
+    """Type of X axis units"""\r
+    fytype: int\r
+    """Type of Y axis units"""\r
+    fztype: int\r
+    """Type of Z axis units"""\r
+    fpost: int\r
+    """Posting disposition (see GRAMSDDE.H)"""\r
+    fdate: datetime\r
+    """Date/Time LSB: min=6b,hour=5b,day=5b,month=4b,year=12b"""\r
+    fres: str  # 9 bytes\r
+    """Resolution description text (null terminated)"""\r
+    fsource: str  # 9 bytes\r
+    """Source instrument description text (null terminated)"""\r
+    fpeakpt: int\r
+    """Peak point number for interferograms (0=not known)"""\r
+    fcmnt: str  # 130 bytes\r
+    """Null terminated comment ASCII text string"""\r
+    fcatxt: str  # 30 bytes\r
+    """X,Y,Z axis label strings if ftflgs=TALABS"""\r
+    flogoff: int\r
+    """File offset to log block or 0 (see above)"""\r
+    fmods: SpcModFlags\r
+    """File Modification Flags (see below: 1=A,2=B,4=C,8=D..)"""\r
+    fprocs: int\r
+    """Processing code (see GRAMSDDE.H)"""\r
+    flevel: int\r
+    """Calibration level plus one (1 = not calibration data)"""\r
+    fsampin: int\r
+    """Sub-method sample injection number (1 = first or only )"""\r
+    ffactor: float\r
+    """Floating data multiplier concentration factor (IEEE-32)"""\r
+    fmethod: str  # 48 bytes\r
+    """Method/program/data filename w/extensions comma list"""\r
+    fzinc: float\r
+    """Z subfile increment (0 = use 1st subnext-subfirst)"""\r
+    fwplanes: int\r
+    """Number of planes for 4D with W dimension (0=normal)"""\r
+    fwinc: float\r
+    """W plane increment (only if fwplanes is not 0)"""\r
+    fwtype: int\r
+    """Type of W axis units (see definitions below)"""\r
+\r
+    _PACKFMT = '<bbbbIddIbbbbI9s9sh32x130s30sIIbbhf48sfIfb187x'\r
+    _SIZE = 8 + 16 + 4 + 4 + 4 + 9 + 9 + 2 + 32 + 130 \\r
+        + 30 + 8 + 2 + 2 + 4 + 48 + 4 + 4 + 4 + 1 + 187\r
+\r
+    @staticmethod\r
+    def fromstream(stream: BytesIO) -> 'SpcHdr':\r
+        data = stream.read(SpcHdr._SIZE)\r
+        values = struct.unpack(SpcHdr._PACKFMT, data)\r
+        hdr = SpcHdr(*values)\r
+\r
+        hdr.ftflgs = SpcFlags(hdr.ftflgs)\r
+        hdr.fexper = SpcTechnique(hdr.fexper)\r
+        hdr.fmods = SpcModFlags(hdr.fmods)\r
+        hdr.fdate = from_spc_date(hdr.fdate)\r
+        for field in ('fres', 'fsource', 'fcmnt', 'fcatxt', 'fmethod'):\r
+            value = getattr(hdr, field)\r
+            setattr(hdr, field, value.strip(b'\0').decode('utf-8'))\r
+        return hdr\r
+\r
+\r
+@dataclass\r
+class SubHdr:\r
+    """This structure defines the subfile headers that preceed each trace in a\r
+    multi-type file.  Note that for evenly-spaced files, subtime and subnext are\r
+    optional (and ignored) for all but the first subfile.  The (subnext-subtime)\r
+    for the first subfile determines the Z spacing for all evenly-spaced subfiles.\r
+    For ordered and random multi files, subnext is normally set to match subtime.\r
+    However, for all types, the subindx must be correct for all subfiles.\r
+    This header must must always be present even if there is only one subfile.\r
+    However, if TMULTI is not set, then the subexp is ignored in favor of fexp.\r
+    Normally, subflgs and subnois are set to zero and are used internally."""\r
+\r
+    subflgs: SubHdrFlags\r
+    """flags"""\r
+\r
+    subexp: int\r
+    """Exponent for sub-file's Y values (80h=>float)"""\r
+\r
+    subindx: int\r
+    """Integer index number of trace subfile (0=first)"""\r
+\r
+    subtime: float\r
+    """Floating time for trace (Z axis corrdinate)"""\r
+\r
+    subnext: float\r
+    """Floating time for next trace (May be same as beg)"""\r
+\r
+    subnois: float\r
+    """Floating peak pick noise level if high byte nonzero"""\r
+\r
+    subnpts: int\r
+    """Integer number of subfile points for TXYXYS type"""\r
+\r
+    subscan: int\r
+    """Integer number of co-added scans or 0 (for collect)"""\r
+\r
+    subwlevel: float\r
+    """Floating W axis value (if fwplanes non-zero)"""\r
+\r
+    _PACKFMT = '<bbhfffIIf4x'\r
+    _SIZE = 32\r
+\r
+    @staticmethod\r
+    def fromstream(stream: BytesIO) -> 'SubHdr':\r
+        subhdr = SubHdr(struct.unpack(SubHdr._PACKFMT, stream.read(SubHdr._SIZE)))\r
+        subhdr.subflgs = SubHdrFlags(subhdr.subflgs)\r
+        return subhdr\r
+\r
+\r
+class SubFile:\r
+    """\r
+    s = SpCFile[0]\r
+    s[0:10] # ilist\r
+    len(s) is fnpts\r
+    s.index = hdr\r
+    """\r
+\r
+    def fromstream(stream: BytesIO) -> 'SubFile':\r
+        pass\r
+\r
+\r
+@dataclass\r
+class LogHdr:\r
+    """Log block header format.\r
+\r
+    This structure defines the header at the beginning of a flogoff block.\r
+    The logsizd should be large enough to hold the text and its ending zero.\r
+    The logsizm is normally set to be a multiple of 4096 and must be\r
+    greater than logsizd.  It is normally set to the next larger multiple.\r
+    The logdsks section is a binary block which is not read into memory."""\r
+\r
+    logsizd: int\r
+    """byte size of disk block"""\r
+\r
+    logsizm: int\r
+    """byte size of memory block"""\r
+\r
+    logtxto: int\r
+    """byte offset to text"""\r
+\r
+    logbins: int\r
+    """byte size of binary area (immediately after logstc)"""\r
+\r
+    logdsks: int\r
+    """byte size of disk area (immediately after logbins)"""\r
+\r
+    _PACKFMT = '<IIIII44x'\r
+    _SIZE = 20 + 44\r
+\r
+    @staticmethod\r
+    def fromstream(stream: BytesIO) -> 'LogHdr':\r
+        values = struct.unpack(LogHdr._PACKFMT, stream.read(LogHdr._SIZE))\r
+        return LogHdr(*values)\r
+\r
+\r
+class SpcIter:\r
+    """Iterator for spectra in an SPC file."""\r
+    def __init__(self, parent, index=0):\r
+        self.parent = parent\r
+        self.index = index\r
+\r
+    def next(self):\r
+        """Python2 iterator support."""\r
+        return self.__next__()\r
+\r
+    def __next__(self):\r
+        if self.index >= len(self.parent):\r
+            raise StopIteration\r
+        result = self.parent[self.index]\r
+        self.index += 1\r
+        return result\r
+\r
+\r
+class SpcFile:\r
+\r
+    def __init__(self, path: str = None, mode: str = 'rb'):\r
+        self.path = path\r
+        self.stream = None\r
+        self.owned = False\r
+        self._hdr = None\r
+        self._datapos = None\r
+        self._datasize = None\r
+        self._loghdr = None\r
+        self._logtext = None\r
+        if path:\r
+            self.open(path, mode)\r
+\r
+    def open(self, path: str, mode: str = 'rb'):\r
+        """Open the specified path as an SPC file.\r
+\r
+        mode: provide the file access mode: 'rb' for read-only\r
+        or 'r+b' for read-write mode."""\r
+        self.path = path\r
+        self.open_stream(open(path, mode), owned=True)\r
+\r
+    def open_stream(self, stream: BytesIO, owned: bool = False):\r
+        self.stream = stream\r
+        self.owned = owned\r
+        hdr = SpcHdr.fromstream(stream)\r
+        self._hdr = hdr\r
+        if hdr.ftflgs & SpcFlags.TXVALS:\r
+            self._xlist = struct.unpack(\r
+                f'<{hdr.fnpts}f', stream.read(4 * hdr.fnpts))\r
+        else:\r
+            self._xlist = None\r
+        self._datapos = stream.tell()\r
+        self._datasize = SubHdr._SIZE + (hdr.fnpts * 4)  # or 2 if flag.\r
+        stream.seek(hdr.fnsub * self._datasize, SEEK_CUR)\r
+        self._loghdr = LogHdr.fromstream(stream)\r
+\r
+    def close(self):\r
+        """Close the file stream (if owned by this object)"""\r
+        if self.owned:\r
+            self.stream.close()\r
+        self.stream = None\r
+\r
+    def __len__(self):\r
+        return self._hdr.fnsub\r
+\r
+    def __iter__(self):\r
+        return SpcIter(self)\r
+\r
+    def __getitem__(self, index):\r
+        """return the spectrum at specified index or slice"""\r
+        return self.spectrum(index)\r
+\r
+    def __enter__(self):\r
+        return self\r
+\r
+    def __exit__(self, vtype, value, traceback):\r
+        self.close()\r
+\r
+    @property\r
+    def xlist(self):\r
+        if not self._xlist:\r
+            interval = (self._hdr.flast - self._hdr.ffirst) / (self._hdr.fnpts - 1)\r
+            self._xlist = [self._hdr.ffirst + (n * interval) for n in range(self._hdr.fnpts)]\r
+        return self._xlist\r
+\r
+    @property\r
+    def comment(self) -> str:\r
+        return self._hdr.fcmnt\r
+\r
+    def subhdr(self, index: int) -> SubHdr:\r
+        self.stream.seek(self.datapos + (self._datasize * index), SEEK_SET)\r
+        return SubHdr.fromstream(self.stream)\r
+\r
+    def spectrum(self, index: int):\r
+        """Retrieve the spectrum values for the index-th spectrum.\r
+\r
+        If the index is an integer returns a single spectrum as a tuple of floats.\r
+        If the index is a slice object then returns a tuple of tuples for the set\r
+        of specified spectra."""\r
+        if isinstance(index, int):\r
+            start, stop, step = slice(index, None, None).indices(self._hdr.fnsub)\r
+            stop = start + 1\r
+        elif isinstance(index, slice):\r
+            start, stop, step = index.indices(self._hdr.fnsub)\r
+        else:\r
+            raise TypeError("spectrum index must be an integer or slice")\r
+\r
+        if start < 0 or stop > self._hdr.fnsub:\r
+            raise IndexError("spectrum index out of range")\r
+\r
+        result = []\r
+        for ndx in range(start, stop, step):\r
+            self.stream.seek(self._datapos + (self._datasize * ndx), SEEK_SET)\r
+            self.stream.seek(SubHdr._SIZE, SEEK_CUR)  # skip subhdr\r
+            data = self.stream.read(self._hdr.fnpts * 4)\r
+            result.append(struct.unpack(f'{self._hdr.fnpts}f', data))\r
+        return result[0] if len(result) == 1 else tuple(result)\r
+\r
+    @property\r
+    def logtext(self):\r
+        if not self._logtext:\r
+            self.stream.seek(self._hdr.flogoff + LogHdr._SIZE, SEEK_SET)\r
+            data = self.stream.read(self._loghdr.logsizd)\r
+            self._logtext = data.strip(b'\0').decode('iso8859-1')\r
+        return self._logtext\r
diff --git a/spc/test/__init__.py b/spc/test/__init__.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..9184903
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,13 @@
+# Copyright (c) 2022 Renishaw plc.
+#
+# Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
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diff --git a/spc/test/anatase.spc b/spc/test/anatase.spc
new file mode 100644 (file)
index 0000000..166d3b8
Binary files /dev/null and b/spc/test/anatase.spc differ
diff --git a/spc/test/benzene.spc b/spc/test/benzene.spc
new file mode 100644 (file)
index 0000000..12eeeef
Binary files /dev/null and b/spc/test/benzene.spc differ
diff --git a/spc/test/test_spcfile.py b/spc/test/test_spcfile.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a85ea28
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,36 @@
+# Copyright (c) 2024 Renishaw plc.
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+
+
+import unittest
+import os
+from ..spcfile import SpcFile
+
+
+class TestWdf(unittest.TestCase):
+    testfile = os.path.join(os.path.dirname(__file__), r'anatase.spc')
+
+    def test_with_spcfile(self):
+        with SpcFile(self.testfile) as data:
+            self.assertIsNotNone(data)
+            self.assertEqual(1, len(data))
+
+    def test_open(self):
+        data = SpcFile()
+        data.open(self.testfile)
+        data.close()
+
+
+if __name__ == '__main__':
+    unittest.main()
diff --git a/tox.ini b/tox.ini
new file mode 100644 (file)
index 0000000..86f2e19
--- /dev/null
+++ b/tox.ini
@@ -0,0 +1,27 @@
+[tox]
+envlist = py38, py39, py310, py311, py312, pypy310, pypy39, lint
+skip_missing_interpreters = True
+
+[testenv]
+setenv =
+    PYTHONPATH = {toxinidir};{toxinidir}/spc
+deps =
+    pytest
+commands =
+    py.test
+
+[testenv:lint]
+deps =
+    flake8
+commands =
+    flake8 spc demos
+
+[flake8]
+max-line-length = 110
+ignore =
+    # F401 Constants imported into __init__ are not used there but are exposed to users here.
+    F401
+    # W503 Line break before binary operator
+    W503
+    # E402 module level import not at top of file
+    E402